De los 240 juicios de inconformidad presentados, en su mayoría por el PRD y Movimiento Ciudadano, 78 fueron desechados por improcedentes, lo que significa que ni siquiera se analizaron los argumentos presentados. Estas impugnaciones fueron rechazadas principalmente porque se presentaron fuera de los plazos legales o carecían de requisitos mínimos, como la firma autógrafa.
En cuanto a los juicios que sí se estudiaron a fondo, en ninguno se logró probar las acusaciones de inequidad en la contienda, intervención del presidente Andrés Manuel López Obrador, violencia o presión del crimen organizado. Tampoco se acreditaron irregularidades como el voto de personas sin credencial electoral, fuera de horario, o la participación de personas no autorizadas por el INE como funcionarias de casilla. Además, no se encontraron pruebas de dolo en los cómputos distritales ni en las actas de escrutinio y cómputo.
El debate se centró en una única causal de nulidad que los magistrados Reyes Rodríguez Mondragón y Janine Otálora consideraban acreditable: que en 66 casillas la votación fue recibida por personas que no eran las originalmente propuestas como funcionarias.
Sin embargo, la mayoría de los magistrados, incluyendo a Mónica Soto, Felipe de la Mata y Felipe Fuentes, concluyó que el PRD no cumplió con la carga probatoria mínima al no identificar claramente a las personas que supuestamente recibieron la votación sin autorización. Por su parte, los magistrados Janine Otálora y Reyes Rodríguez Mondragón sostenían que la Sala Superior debería investigar a cada funcionario para determinar si estaban autorizados o no.
La magistrada Claudia Valle, quien participó por primera vez con voz y voto, se alineó con la postura mayoritaria, señalando que el Tribunal no podía asumir la responsabilidad que corresponde a los partidos, y que el PRD, teniendo la lista de los funcionarios, debía haber especificado los nombres de las personas acusadas en cada demanda. El magistrado Felipe Fuentes subrayó que el PRD no proporcionó datos suficientes para identificar a las personas involucradas, lo que hace necesario ser estrictos en la consideración de la nulidad de una votación, ya que esto implica ignorar la voluntad de un número significativo de personas.
El magistrado Felipe de la Mata recordó que siempre se ha seguido el mismo criterio en estos casos, calificando los agravios como «inoperantes». Según él, el PRD tenía todos los elementos para especificar las irregularidades en las casillas, pero no lo hizo, lo que trasladaría la carga probatoria al Tribunal y transformaría los juicios de inconformidad en una suerte de «juego de azar» para ver qué encuentra el Tribunal, contraviniendo la naturaleza de estas impugnaciones.
